古籍是北京大学图书馆最重要的馆藏之一，总量达150万册，其中善本古籍约2万余种、20余万册，列全国高校之首，在全国也位居第三。2008年以来，北大图书馆共有462部古籍善本分别入选由文化部确定、国务院批准的前五批国家珍贵古籍名录，北京大学图书馆也被列为第一批全国古籍重点保护单位。
北京大学图书馆的古籍收藏具有规模宏大、种类齐全、特藏丰富、珍品众多的特点。重要的馆藏中，以年代划分，有敦煌卷子288号，宋、元刻本300余种，明刻本近万种；以出版国别划分，有日本本2000余种、朝鲜本200余种；以制作方式划分，有抄、稿、写本9000余种，活字本3000余种；以内容类型划分，有方志近5000种，家谱2200余种，还有多个小说戏曲专藏，如车王府曲本1536种，马廉不登大雅之堂藏戏曲小说928种，程砚秋御霜簃藏曲本1400余种。馆藏金石拓片4万余种、8万余件，包括了缪荃孙艺风堂、张仁蠡柳风堂二家的全部藏拓。此外还收藏有2000余种中国古代舆图。总之，北大图书馆的古籍收藏可谓秘籍纷陈，琳琅满目。
北大馆在CALIS技术支持下建设的“秘籍琳琅——北京大学数字图书馆古文献资源库”，是完整展示北京大学图书馆藏古籍的网络平台，读者可以在其上检索北大图书馆藏全部各种类型古文献元数据，查看和浏览古籍书影、电子图书，以及拓片、舆图图像。
北大馆牵头建设的“学苑汲古——高校古文献资源库”，更是汇集了包括北大图书馆在内的国内外30余所高校图书馆藏古籍元数据60余万条、书影近30万幅，电子图书8.35万册，是目前世界上规模最大的古籍书目数据库之一。
北京大学图书馆由总馆和分馆组成。古籍主要保存在北京大学图书馆“古籍分馆”。读者如需阅览古籍原书，请前往北京大学图书馆“古籍分馆”（位于北京大学图书馆北侧）。古籍阅览室还收藏有各种类型的古籍影印本丛书，可满足读者的相应需要。
不少分馆也有古籍收藏，其中考古文博学院分馆、中文系分馆、信息管理系分馆的部分古籍书目数据已经录入古文献资源库中，其他分馆所藏古籍的书目数据今后也将陆续进入该资源库。读者可以在“秘籍琳琅”和“学苑汲古”两个古文献系统中进行检索。
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